CRM entegrasyonunda veri güvenliği, sistemin doğru yapılandırılması ve güvenlik önlemleri ile sağlanır. İlk olarak, şifreleme yöntemleri kullanılarak verilerin iletimi ve depolanması güvence altına alınır. Ayrıca, kullanıcı kimlik doğrulama ve yetkilendirme süreçleri ile sadece yetkili kişilerin verilere erişimi sağlanır. Entegre edilen sistemlerde güvenlik duvarları, anti-virüs yazılımları ve güvenlik protokollerinin uygulanması, potansiyel dış saldırılara karşı koruma sağlar. Bunun yanı sıra, düzenli güvenlik denetimleri ve yazılım güncellemeleri ile sistemdeki açıklar en aza indirilir. Böylece, müşteri verileri hem dahili hem de harici tehditlerden korunmuş olur.